Von November 2000 bis Mai 2002 wurde die Mündung der III in den Rhein neu gestaltet. Das Projekt war ein Kompromiss zwischen Hochwasserschutz und ökologischen Anforderungen.

Vor der Renaturierung schoss die III über eine etwa 6 m hohe Rampe in den Rhein und verursachte Schäden am gegenüberliegenden Schweizer Ufer. Zudem unterband diese Rampe den Fischaufstieg vom Rhein in die III. Mit der Renaturierung konnten diese Missstände behoben werden.

Neue Mündung
Aus strömungstechnischen Gründen wurde die Illmündung um etwa 400 m nach Norden verlegt. Die längere Fließstrecke hat den Vorteil, dass der Illstrom stärker vom Rhein abgebremst wird und damit weniger Schäden verursachen kann. Zudem wurde die bisher bestehende 6 m hohe Sohlrampe durch zwei kleinere Rampen ersetzt. Ein neuer, etwa 700 m langer Mündungsarm verbindet jetzt die III mit dem Rhein und erleichtert Fischen damit den Aufstieg. Wo es möglich war, erfolgten die Ufersicherungen durch ingenieurbiologische Maßnahmen: Weidenäste wurden Reihe an Reihe auf die Böschungen gelegt und mit Erde überdeckt. Die Äste schlagen aus und sollen als dichtes Weidengebüsch die Ufer vor Erosion schützen.

Neue Auenwälder
Im Bereich des Mündungsarmes wird sich künftig ein Wald entwickeln, der im Wesentlichen einer Hartholzau mit Eiche, Esche und Ulme entspricht. Nur im unmittelbaren Einflussbereich des Gewässers wächst eine Weichholzau mit Grauerle und verschiedenen Weiden. Vor allem im unteren Abschnitt des Gewässers handelt es sich dabei um eine «echte» Au, die zeitweise überschwemmt wird - nämlich bei Hochwasser des Rheins.
Auf den nicht bewaldeten Flächen sollen sich unterschiedliche Mager- und Trocken-Lebensräume etablieren. Damit soll hier auch der seltene Apollofalter wieder Lebensraum finden, der einst auch auf den Trockenstandorten an der Illmündung zu beobachten war.

Monitoring bleibt auf der Strecke
Aus dem geplanten, breit angelegten, interdisziplinären Monitoring über mehrere Jahre ist aus finanziellen Gründen leider nichts geworden. Die ökologische Beweissicherung beschränkt sich auf die Fachbereiche Limnologie, Fischökologie und Vegetation.